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In einer St. Galler Urkunde vom 31. Oktober 843 wird Meßstetten erstmals erwähnt. Es gab aber schon wesentlich früher Siedlungen in diesem Bereich. Wie vorgeschichtliche Funde beweisen, ist die Umgebung von Meßstetten Durchgangs- und Siedlungsraum von Kelten und Römern gewesen, bis die Alemannen nach 260 in die Gegend eindrangen.

Der Teilname "stetten" deutet auf die alemannische Besiedlung hin. Wahrscheinlich sind die "stetten"-Orte auf dem Heuberg - wie Meßstetten, Heinstetten, Stetten am kalten Markt und Frohnstetten - von Ebingen aus als Hirtensiedlung im 4. Jahrhundert gegründet worden. In den Jahren 1864 bis 1867 hat der Meßstetter Ortspfarrer Oetinger drei Alemannen-Friedhöfe gefunden, auf denen die heutige Siedlung Meßstetten steht.

Meßstetten gehörte im frühen Mittelalter zum Scherragau, der Name Scherra bedeutet Felsen. Dessen größter Teil befand sich im 12. Jahrhundert im Besitz der Grafen von Hohenberg, die auch Ortsherren von Meßstetten und einiger, heutiger Stadtteile waren. Die Herren von Meßstetten waren ein niederadliges Dienstmannengeschlecht und hatten den Sitz auf einer so genannten Burg, auf die heute noch der Straßenname "In der Burg" in Meßstetten hindeutet.

Ebenso wie die Herren von Hohenstetten (Heinstetten), sind die Herren von Meßstetten im 13. Jahrhundert nach Ebingen (heute Albstadt-Ebingen) abgewandert, um in der jungen Stadt eine militärische Führungsschicht zu bilden. Ihr Wappen, ein silberner Becher auf rotem Grund, ist das heutige Stadtwappen von Meßstetten. Noch 1376 wurde es vom Ebinger Schultheiß "Hans von Meßstetten" geführt.

In klerikaler Hinsicht gehörte der ganze Heuberg zur St. Martins-Pfarrgemeinde in Ebingen, bis Meßstetten im 12./13. Jahrhundert eine eigene Kirche erhielt: die St. Lamprechts-Kirche. Im 14. Jahrhundert wurden noch drei weitere Altäre mit je einem Kaplan gestiftet. Die Pfarrei war zudem noch mit den Patronatsrechten von Meßstetten und Frohnstetten ausgestattet und wurde mit seinen vier Geistlichen eine Art kleines Chorherren-Stift.

Graf Heinrich von Hohenberg verkaufte im Jahr 1347 das Dorf an Heinrich von Tierberg, der mit dem gleichzeitig erworbenen Hossingen, dem bereits 1345 ebenfalls von Hohenberg gekauften Tieringen und dem Einzelbesitz in anderen Orten eine eigene Herrschaft Meßstetten bildete. Die drei Linien der Tierberger starben im 14. und 15. Jahrhundert aus und der Ehemann der letzten Erbtochter, Konrad von Hölnstein, verkaufte die Herrschaft Meßstetten an Württemberg. Dort wurde sie mit der 1403 erworbenen Schalksburgherrschaft zum Amt Balingen vereinigt.

Als Herzog Ulrich von Württemberg im Jahr 1534 in der Schlacht bei Lauffen am Neckar sein Land zurück erobert hatte, führte er noch im gleichen Jahr im ganzen Herzogtum die Reformation ein. Damit änderte sich auch in Meßstetten vieles. Die Kaplaneien wurden aufgehoben, die Patronatsrechte fielen dem Herzog von Württemberg zu. Das große Vermögen des Stifts kam, wie alle Kirchengüter, an die württembergisch geistliche Verwaltung in Balingen. Obwohl Hossingen als Filiale dazu kam, verlor die Pfarrei ihre Bedeutung.

Im 30-jährigen Krieg von 1618 bis 1648 wurde der Ort zu einem großen Teil zerstört. Hatte Meßstetten 1630 noch 82 Häuser, so zählte man 1655, also sieben Jahre nach Beendigung des Krieges, erst wieder 27 Gebäude. Die Einwohnerzahl verringerte sich von 350 Einwohnern im Jahre 1602 auf 149 Einwohner im Jahre 1654. Der Wiederaufbau dauerte länger als in den benachbarten Orten: selbst 1810 waren es immer noch erst 152 Wohngebäude. Dies blieb bis 1840 so. Erst dann wuchs der Ort rasch an.

Seit Ende des 18. Jahrhunderts suchten die Menschen ihren Lebensunterhalt außer in der Landwirtschaft auch in der Weberei. Seit Ende des 19. Jahrhunderts kam die neue Strick- und Wirkwaren-Industrie dazu.